Hội đồng Bộ trưởng Liên Xô có quyền, theo quyết định của mình, lập ra các cơ quan đặc biệt thuộc Hội đồng Bộ trưởng Liên Xô - các cơ quan, ủy ban, văn phòng, hội đồng và các cục. Các cơ quan này trực thuộc Hội đồng Bộ trưởng Liên Xô, trái ngược với các cơ quan chính quyền trung ương, việc thành lập, tái tổ chức và bãi bỏ đó là đặc quyền của Xô Viết Tối cao Liên Xô.

Các cơ quan trực thuộc thường là Cục, Hội đồng, Ủy ban, Cơ quan, Thanh tra,...